Вторым фактором, осложняющим наследственность, остаются мутации, но именно благодаря им появилось такое огромное разнообразие типов телосложения, окрасов, длины шерсти и других физических характеристик, которые так радуют любителей кошек и становятся ключевыми для бридерских программ. Мутации происходят, когда гены «ошибаются», то есть видоизменяются в процессе передачи от одного поколения к следующему Если бы не мутации, все домашние кошки в наши дни выглядели бы, как африканская степная, европейская лесная, камышовая кошки и, возможно, манул, хотя манул, будучи длинношерстным, сам появился в результате мутации. В самом начале все кошки были короткошерстными, с рисунком на шерсти. По мере смены поколений мутантные («дефектные», как их иногда называют) гены, вызвали появление огромного количества разных вариантов животных в популяциях, совсем не похожих на короткошерстных с полосатым рисунком.
Гены-мутанты осветляли окрас, убирали с шерсти темные полосы, украшали шерсть совершенно иными по форме пятнами, отметинами, подчеркивали одни цвета и угнетали другие. К примеру, все кошки так называемого голубого (на самом деле синевато-серого) окраса являются носителями ослабленного (мутировавшего) гена черного окраса.
Большинство мутантных генов (но не все) — рецессивные, поэтому, чтобы они укоренились в популяции, должно пройти несколько поколений. Но если они уже проявились, если первоначальные гены «ошиблись», сама по себе ошибка не исправится. Она будет передаваться следующим поколениям.
Когда мутантные гены оказывают влияние на характеристики более важные, чем окрас шерсти (например, тип телосложения или лучшая сопротивляемость температурным изменениям), они в конце концов становятся основой эволюции.
Хотя сегодняшняя домашняя полосатая кошка очень похожа на африканскую степную или европейскую лесную, генетически они не идентичны.
Даже без вмешательства заводчиков, происходившего в последние сто лет, естественный отбор создал кошку, заметно отличающуюся от животного, которое 5000 лет назад впервые встретилось с человеком.
